La presenza a Brusaporto di una chiesa dedicata a Santa Margherita è attestata fin dal 1260 in un elenco delle plebanie della diocesi: “in primiceriatu de Seriate…Ecclesia S.tae Margheritae de Brusaporco”. La stessa è anche menzionata negli atti del Sinodo diocesano tenuto dal vescovo Giovanni da Scanzo nel 1304.
Questo edificio venne però abbattuto nel 1729, a causa delle condizioni di degrado strutturale in cui si trovava. Subito iniziarono i lavori per la costruzione della nuova chiesa. In questo periodo a Brusaporto abitavano circa 300 abitanti: lo sforzo economico da parte degli abitanti fu notevole. La data che è riportata sul portale principale (1743) fa memoria dell’anno in cui la chiesa è stata benedetta da Conte Rottigni, Vicario generale della diocesi. La consacrazione risale invece al 1 novembre 1888, quando il vescovo Gaetano Camillo Guindani celebrò la solenne funzione. La chiesa nel frattempo era stata rivisitata con intonazioni neo-classiche, come il gusto dell’epoca suggeriva.
La struttura, orientata a est, è circondata parzialmente da un sagrato, delimitato da pilastrini in marmo bianco. La torre campanaria, come la vecchia canonica, si erge addossata alla chiesa sul lato sud. Le campane fuse dalla ditta Pruneri di Grosio nel 1845, dopo la requisizione del 1943 vennero rifuse dalla ditta Daciano Colbachini di Padova. L’attuale concerto di cinque campane in “re b” è stato consacrato dal vescovo Adriano Bernareggi il 22 ottobre 1949 e recentemente restaurato.
La facciata dell’edificio sacro, che culmina in un timpano riportante la dedicazione a Santa Margherita V. e M., è suddivisa da un cornicione di malta cementizia in due ordini. Sia l’ordine inferiore che quello superiore sono a loro volta divisi da lesene con capitello dorico. Al centro è situato il portale, sormontato da uno stemma in marmo con la scritta “Ecce tabernaculum dei cum hominibus. Apoc 21 MDCCXLIII”. Nell’ordine superiore si apre la vetrata disegnata da Claudio Nani, raffigurante la patrona.
L’interno della chiesa si sviluppa in un’unica navata sulla quale si aprono quatto cappelle laterali. Le due cappelle prossime al presbiterio sono più ampie e profonde così da dare alla pianta della chiesa la forma di una croce latina. Il presbiterio è rialzato da tre gradini e termina con un coro semicircolare.
Diverse lesene lungo la navata, fornite in basi di marmo, corpetto in muratura lavorata a stucco lucido e capitello in stile corinzio, sorreggono un fregio con putti e il sovrastante cornicione, al di sopra del quale si imposta la volta a botte. La Via Crucis, proveniente dalla chiesa di S. Anna in Borgo Palazzo, è stata dipinta da G. Peverada (fine 1700). Ai lati della bussola, realizzata nel 1965 da T. Rota su disegno dell’arch. Bettoncelli (1849), sono presenti i confessionali incassati in due nicchie. Sopra di esse il finto matroneo ospita a sinistra la statua della patrona, e dalla parte opposta la statua di Sant’Antonio abate. Procedendo verso il presbiterio troviamo a sinistra la cappella di San Giuseppe (è presente anche la statua della Madonna Pellegrina) e a destra la cappella del Crocifisso. Nell’altare è conservata la statua del Cristo morto e nelle nicchie a lato sono collocate la statua di Santa Teresa del Bambin Gesù e di Sant’Agnese.
A metà della navata, sulla destra, trova luogo il battistero. Il fonte battesimale è in marmo rosso venato e chiuso con un coperchio in rame semisferico con sbalzo di L. Guerinoni. Al di sopra del battistero, nel vano del matroneo, vi è la statua dell’Immacolata, mentre a sinistra la scultura del Sacro Cuore.
L’altare della Madonna del Rosario, ospita la statua della Madonna circondata dai quadretti raffiguranti i misteri del rosario, opera di Pietro Ronzelli (1630). Ai lati dell’altare ci sono le statue di Santa Caterina da Siena e di San Domenico.
L’altare dedicato a San Carlo e San Luigi, dove è conservata la statua di quest’ultimo attribuita ad A. Sanz (fine 1700), conserva le reliquie dei santi, e una tela raffigurante San Carlo orante. Ai lati dell’altare la statua di San Rocco e di altro santo.
L’arco trionfale che si apre sul presbiterio è sormontato da un cartiglio con la scritta “Sanguinis Jesu filii Dei Christi emendat nos ab omni peccato”. Il pavimento del presbiterio in occhialino e aurora oniciata è stato posato nel 1935. L’altare neo-classico in marmi policromi è rialzato su tre gradini in marmo bianco di Zandobbio. Il paliotto presenta un medaglione con il bassorilievo di Santa Margherita. Il tabernacolo è fregiato con lapislazzulo mentre la portella, sbalzata in argento, è opera del Guerinoni (1957). Il banco dei parati come la credenza a lato sono in legno di noce. Sopra il presbiterio vi sono le due cantorie: quella di sinistra ospita l’organo della ditta Giacomo Locatelli (1871), riveduto dai Cornolti nel 1935 e poi dai Piccinelli nel 1966. Nell’abside sono presenti tre tele. Quella centrale è di F. Polazzo (1743) e celebra il martirio di Santa Margherita. Le due laterali, di autore ignoto, raffigurano la predicazione di San Bernardino e una santa francescana che assiste ad una celebrazione liturgica.